Io gli ho sempre messi fuori dalla muta ma mi hai fatto venire il dubbio adesso!

A rigor di logica i calzari vanno sotto alla muta, dato che se sono sopra, se ne' allarga l'apertura (dovuta alla muta stessa causando) una bella  infiltrazione d'acqua.
in estate poi e' un'altra cosa.

Dipende dal tipo di calzari..se sono molto grossi diventa difficoltoso infilarli sotto la muta con il rischio di rovinare le guarnizioni della stessa..se invece sono calzari leggeri 2,5mm vanno benissimo anche sotto

Dipende pure dalla muta: con la lontra della Cressi (cerniere caviglie/polsi) fai un misto. La parte stagna della muta sotto il calzare, la parte spessa della muta (quella con cerniera) sopra.  

L'acquastop di quasi tutte le più recenti mute (polsi e caviglie) è creato per stare a diretto contatto con la pelle, altrimenti perde la propria funzione. Tra l'altro, solitamente, è fatto con un neoprene particolarmente delicato (monofoderato) che, posto sopra il calzare, farà in fretta a deformarsi o lacerarsi. Il cursore della zip dei calzari, poi, sembra fatto apposta per provocare il massimo dei danni. La soluzione di superpolpo mi sembra l'ideale.
Resta comunque il fatto che nella muta ci deve stare comodo ognuno di noi...

Già...

Credo dipenda molto dal modello della muta: io non potrei mai mettere i calzari sotto alla mia!!! infatti non ci sono cerniere alle caviglie, ed è talmente stretta che faccio fatica ad infilarci i piedi, figuriamoci i calzari!!! Uso però dei calzetti in neoprene, quindi infilo prima la muta, poi i calzetti che mi arrivano sino al polpaccio sopra la muta, e sopra i calzari. Ottengo così un buon isolamento ;-)