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mercoledì 14 marzo 2007
Per mare, a caccia di tutte le proteine del mondo
Potremo mai conoscere le reali dimensioni della biodiversità delle proteine esistenti in natura o quanto meno dei microrganismi marini?
Un primo tentativo di dare una risposta a queste ambiziose domande è fatto in tre studi di metagenomica - pubblicati oggi sulla rivista on line "Plos Biology" - condotti dal gruppo di ricerca diretto da Craig Venter sulla base di una enorme quantità di dati relativi alle sequenze genomiche dei microrganismi marini raccolti nel corso della spedizione Sorcerer II Global Ocean Sampling (GOS).
I ricercatori hanno combinato le informazioni relative ai 6,5 milioni di sequenze lette dal materialie raccolto in questa spedizione con i dati precedentemente raccolti nel corso di uno studio pilota nel Mar dei Sargassi, lavorando così su un data base di circa 6,3 miliardi di coppie di basi, ossia su una data base di dimensioni doppie a quelle del genoma umano.
Il primo lavoro, a firma di Douglas B. Rusch e colleghi, descrive l'enorme diversità biologica presente nei mari e il problema di come, e se, tale diversità sia strutturata e che cosa possa avere determinato tale strutturazione. Il secondo articolo, a prima firma Shibu Yooseph, è dedicato allo studio delle 6,12 milioni di proteine identificate nella spedizione Global Ocean Sampling, nel tentativo di capire se ci si sta avvicinando alla scoperta di tutte le proteine presenti al mondo, mentre il terzo saggio, redatto da Susan S. Taylor, Gerard Manning e colleghi presenta una classificazione di ben 45.000 chinasi (16.000 delle quali identificate appunto nell'esperimento GOS) in 20 differenti famiglie, rivelandone la diversità strutturale e funzionale, e svelando un inaspettato ruolo delle chinasi nel sistema di segnali cellluari dei procarioti.
I dati relativi alla spedizione GOS sono pubblicamente disponibili nel data base CAMERA creato grazie alla Gordon and Betty Moore Foundation.
Fonte: Le Scienze
News controllata da: Franco IANNELLO
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